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So, ich kam wohl etwas zu spät, um Eure Postings zu beantworten, aber was solls...
Das Problem tritt jetzt glücklicherweise nicht mehr auf. Ich hatte die Dateien mit meinem FTP-Client (LeechFTP) wieder zurück übertragen, sie lagen schon kaputt auf dem Server, also muss es wohl am Upload gelegen haben (Ob es ein Fehler beim Server oder ein Windows bzw. LeechFTP-Fehler war, weiß ich nicht).
Bisher hatte ich mit der Dateiübertragung übrigens nie Probleme.
Wie dem auch sei - trotzdem danke für Eure Antworten!