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Hallo Björn,
eine Lösung für dein Problem habe ich leider nicht - aber noch einen Beitrag zum Symptom.
Ein ganz ähnliches Phänomen tritt beim IE 5+ nämlich auch häufig auf: Beim Klicken auf einen beliebigen Link auf der Seite scrollt der IE gern das ganze Fenster ein paar Zeilen nach oben, so dass der Klick danebengeht. Beim zweiten Versuch klappt's dann.
Eine Erklärung dafür habe ich auch noch nicht gefunden...
Schönen Tag noch,
Martin