Hallo!
Also die Lösung findet man auf der FOP Homepage nur muss man da noch ein paar Modifikationen einbauen:
Bei aurigadoc findet sich unter cmdline Converter.java. da wird folgender Code eingebaut:
import org.apache.fop.apps.Options;
import java.io.*;
/*....*/
File userConfigFile = new File("Pfad zur Datei");
new Options(userConfigFile);
Dann bindet er statisch immer die gleiche Datei ein.
Dynamisch kanns es jetzt jeder machen.
Grüsse
Andreas