<!--#include virtual="../navigation/head_01.inc"-->
Genau das habe ich vermutet (den gebrauch relativer Pfade).
Verwende Absolute Pfade (z.B.: /navigation/head_01.inc)
ausgehend vom Server-root, dann kannst Du die Dateien in ein anderes Verzeichnis verschieden ohne daß der Bezug verlohrengeht.
also:
<!--#include virtual="/navigation/head_01.inc"-->
Gruß
Avalon