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Weiß nicht genau, hängt wohl vom Browser ab. Im IE habe ich schon einen halb-transparenten (Alpha-Kanal?) Flash-Film gesehen (Flash Player 7).
Wie groß (KB u. Maße in Pixel) ist denn Deine GIF-Anim?
Wahrscheinlich ist es in Deinem Fall doch besser, es bei GIF zu belassen, da Du Dich sonst extra in Flash einarbeiten mußt. Dann mußt Du leider mit den Abspiel-Schwankungen leben, die aber auch bei Flash-Filmen auftreten können, sofern der Film rechenintensiv und der PC vergleichsweise langsam ist...