Hallo Wolfgang,
ich würde das JS an einer Stelle einbauen, die selbst keiner Veränderung unterliegt, also z.B. in der Top- oder Parent-Seite. Ob du es direkt da definierst oder extern einbindest ist unerheblich, es darf während des Umschaltvorgangs nur selbst nicht von Veränderung (Neuladen) betroffen sein.
Aber ich weiß nicht, habe ich dich richtig verstanden? Hast du etwa ein Iframe im (I)Frame oder doch (hoffentlich) nur zwei Iframes auf hierarchisch gleicher Stufe nebeneinander? Ersteres würde wohl kompliziert, da du dann auch noch mit Query-Strings arbeiten müsstest, die im neuladenden (I)Frame den Tochter-Iframe mitbestimmen.
Stell doch deinen Versuch mal ins Netz, wenn du eine Möglichkeit hast!
Gruß Gernot