Es handelt sich hierbei übrigens um eine Debian Kiste mit einer MySql 4.1.11 darauf.
Hast du vielleicht die maximalen Zugriffe pro Stunde eingestellt? (keine Ahnung, ob das bei 4.11 schon geht)
Evtl. macht dir auch der MySQL-User von Debian nen Strich durch die Rechnung. Hatte noch keine Lust, rauszusuchen, was debian-sys-maint (oder so) eigentlich mit der Datenbank macht.
Ansonsten würd ich sagen, mach mal ein Update auf MySQL 5 (gibts auch schon als Stable IMO), wenns dann immer noch nicht geht, liegts am System, nicht an der Datenbanksoftware.
Alternativ kannst du mal deine Cronjobs prüfen und die Auslastung deines Arbeitsspeichers.