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Hallo,
ich würde hier recht konservativ in den drei Schritten Eingabe-Verarbeitung-Ausgabe denken. Die Eingabe nimmt die Anforderung (request) entgegen und entscheidet daran, was zu tun ist und mit welchen Werten. Die Verarbeitung erzeugt eine Antwort (Response), stellt diese aber nicht dar. Die Ausgabe zeigt diese Antwort schließlich an.
So hat man u. a. eine Trennung zwischen Logik und Ausgabe und das Aufbauen eines korrekten xhtml (oder eines Textes oder einer csv-Datei oder ..) ist wesentlich einfacher. Ob Du für das Aufbauen der Antwortdaten und deren Anzeige einfach ein Array mit Werten füllst, Smarty benutzt, einen xml-Baum erzeugst und transformierst oder ein eigenes Templatesystem benutzt, bleibt Dir überlassen.
Noch ein Hinweis. In den Includedateien sollten sich nur Funktionen, Klassen und Konstanten befinden und niemals direkt ausführbarer Code. Wenn man dann noch ein vernünftiges Naming wählt (Die Klasse MyTemplate hat den Pfad /lib/MyTemplate.php) geht auch die Übersicht nicht verloren.
Ich weiss, dass das nicht die genaue Antwort auf Deine Frage ist, aber sie zeigt eine Möglichkeit auf, mit der Deine Frage keine Relevanz mehr hat.
Gruß
Olaf