Soweit ich die Thematik verstanden habe ist das unerheblich ob du dein Div Relativ oder Absolut positioniertst oder nicht. Und auch ob du dem oberen layer einen z-wert von 100 gibst und dem Flash einen z-wert von 1.
"Macromedia über alles" solage du den wmode nicht korrekt setzt.
grüsse