Was macht z.B. ./configure? Ok, das ist ein Script, aber was genau passiert bei der ausführung?
configure konfiguriert das Programmpaket. Dazu gehören zum einen systemspezifische Geschichten (unter anderem die Versionsprüfung der vom Programm benötigten Funktionsbibliotheken), aber zum anderen, und viel wichtiger für Dich, der Programmumfang. Einem Kaffeekochprogramm könnte man zum Beispiel als Option Espressofähigkeiten verpassen (configure --with-espresso) oder die Nutzung der exquisiten Cáfe-Colombia-Bibliotheken statt der Standardplörre (configure --with-libcacolo).
Und zweitens, nach der kompilierung und Installation, wo landen die ausführbaren und Konfigurationsdateien?
Du solltest vor dem Start von configure immer zuerst "configure --help | less" aufrufen. Dort bekommst Du unter anderem auch angezeigt, was wo landet und wie man dieses Ziel ändern kann (üblicherweise mittels "configure --prefix=/hier/hin").
Und drittens, kann man irgendwas falsch machen das man den "Pinguin" evtl. tötet?
Hängt vom zu installierenden Programm ab. Umweltverschmutzung durch Dateileichen würde ich aber als weitaus größtes Problem ansehen.