Deine Annahme, jeder Tag habe 86400 Sekunden, ist falsch.
Aber soweit ich weiß werden bei den Timestamps doch keine Schaltsekunden mitgezählt. Also sollte doch jeder Tag genau 86400 Sekunden haben. Mal davon abgesehen, gibt es denn in PHP ne andere Möglichkeit Zeitdifferenzen exakt zu bestimmen?