Sicher. Du kannst die Header bestimmen wie Du es für richtig hälst :)
das hat damit nix zu tun - die inhaltsausgabe erfolgt durch eine art postprozessor der über die fertig erzeugte seite läuft - dieser muss für halbwegs vernünftige xhtml-ausgabe erst aktiviert werden
dafür ist config.xhtml_cleaning zuständig
der doctype hat damit nix zu tun [1] und die "header" haben damit auch nicht wirklich etwas zu tun
[1] xhtml 1.0 strict bedarf z.b. einiges an handarbeit da zb automatisch (unabhängig des doctypes immer _blank als target für externe links gesetzt wird) da sich die config-variable über den doctype einen dreck um die dort gesetzte dtd schert - warum man das überhaupt einstellen kann, ist mir ohnehin ein rätsel ;)