Hallo,
das Problem hatte ich auch schon, als ich an einer Datei mit zwei verschiedenen Editoren gearbeitet habe. Mit GVIM und TextPad.
Das kann eine Einstellung im Editor sein.
Ausserdem ergeben sich Änderungen beim Upload von Windows nach Linux und wieder zurück, also spielt auch das FTP- Programm eine Rolle.
Gehe mal die Kette der Programme durch, die deine Datei "behandeln". Und immer wieder die Dateigröße überprüfen. Irgendwo ist der Wurm.
Gruß, Kalle