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Mir fallen da sofort die zwei Eigenschaften "checked" und "value" der Checkbox ein, wobei value wohl das sein wird, was du suchst (weil checked eher den Standard-Value des Elements beschreibt, aber nicht dessen momentanen Values).
Hast du schon mal daran gedacht, deine Checkboxen durch Radiobuttons zu ersetzen? Da kann man immer nur eins auswählen (ob das nun auf deinen Anwendungsfall zutrifft, weiß ich nicht).