Ganz einfach:
var Jahr = jetzt.getFullYear() % 100;
Der Modulo (%) gibt immer den Divisionsrest aus - und wenn man durch 100 teilt, bleiben nur die Zahlen von 0 - 99 über.
Außerdem kannst Du die if-Abfrage durch eine Kurzform ersetzen:
var Monat = (jetzt.getMonth() > 9 ? "0"+jetzt.getMonth() : jetzt.getMonth());
Gruß, LX