Hab's nochmal getestet...
Das Problem ist, dass sowoh die Funktion als auch die Variable popup heißen ;-)
so gehts:
function newpopup (target) {
popup=window.open(target,"SecondWindow","width=800,height=800,left=100,top=100");
popup.focus();
}
<a href="popup.php?kwoche=<?php echo $kwoche; ?>&tag=1" onclick="newpopup(this.href); return false">