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Oder muss .htaccess und robots.txt immer in /htdocs liegen?
die .htaccess muss in dem Ordner liegen, in dem sie wirksam sein soll.
Die Robots.txt muss im Rootverzeichnis des virtuellen Servers liegen, also da, wo deine Domain auf dem Server eingerichtet ist, bei dir also htdocs/domainX oder htdocs/domainY
Entsprechend müssen deine Pfadangaben von dortaus ausgehen, weil diese Ordner das Root darstellen.
Nach deinem Beispiel wäre also
Disallow: /geheim/
richtig.