Hey ho,
genau da drüber wie so was funktionieren könnte hab ich gestern auch mal nachgedacht.
Bin nicht so der Javascript-Experte.
Müssen es unbedingt Cookies sein?
Ich denke mit einer Session wärst du weit besser dran, da Sessions von jedem Browser akzeptiert werden und auch beim schließen der Seite gelöscht werden.
Meine Vorgehensweise wäre dazu, die Session zu setzen wenn der erste Klick erfolgt. Mit einer einfachen If-Abfrage ob die Session gesetzt wurde oder nicht kannst du dann das Javascript "deaktiviern".
Also:
if (isset($_SESSION['irgendeinebezeichnung'])) {
<javascript> }
Grüße