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Weil der IE die PNG-Transparenz nur simuliert und diese Simulation an einem Filter zerbricht.
Und zwar so, dass bei der Schnittmenge zweier Alphatransparenzen einfach die Farbe angezeigt wird, die im PNG als Hintergrund definiert ist.
Der IE6 ist übrigens in diesem belangen nicht ganz so dämlich, der zeigt die Schnittmenge als vollständig transparent an - was zumindest hilft, wenn man zwei PNGs mit Alphatransparenz crossfadet.