Könnte da irgendwas schuld sein wie overflow oder so, was sich auf Unterelemente auswirkt und da irgendwelche Verschiebungen verursacht?
Vermutlich hast Du mit dem Thema Collapsing Margins zu tun, siehe http://reference.sitepoint.com/css/collapsingmargins; oder offiziell http://www.w3.org/TR/CSS2/box.html#collapsing-margins.
Workarounds könnten z.B. sein:
paddingstattmarginoverflow: hiddenfür das Elternelement
Viele Grüße
_Dirk