Mit welcher programmiersprache/technik werde ich hier schneller

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Wenn du dir Controller.stations.get(i).tripel zwischenspeicherst kannst du ein wenig Laufzeit sparen, aber eine Iteration über 100.000.000 Elemente dauert einfach lange.

Du könntest deine beiden Listen (listNs, listOhneNs) auch schon beim Einfügen in Controller.stations aufbauen, dann ist das ganze vielleicht ein wenig verteilter in der Laufzeit.