Es gibt das PNG-8. Da kann man, genau wie beim GIF, eine Farbe als transparent definieren.
Der MSIE 6 kommt damit klar, wie auch beim GIF.
Dann gibt es aber noch das PNG-32, womit "echte" Transparenz, also über einen Alphakanal möglich ist. Und das macht der MSIE < 7 nicht mit.

Das ist nicht so ganz richtig. Es gibt zwei bzw. drei Farbmodelle bei PNG, Echtfarben, palettenbasierte Farben und Graustufen. Des weiteren gibt es zwei Transparenzmodelle, die Alpha-, also abgestufte Transparenz, und die binäre Transparenz, bei der eine bestimmte Farbe als Platzhalter für Transparenz steht.
Die erste gibt es bei GIF nicht, keine Frage. Die zweite scheint mit der GIF-Funktionalität übereinzustimmen, tut es in der Praxis aber nicht, weil sie gerade _nicht_ wie bei GIF bei Palettenbildern vorkommt, sondern bei Echtfarbenbildern.

Beim "PNG-8", wie du es nennst, das ist das palettenbasierte Modell mit maximal 256 verschiedenen Farben pro Bild, gibt es nur Alphatransparenz. Der alte IE kommt damit insofern klar, als dass er _alles_, was laut Alphakanal auch nur ansatzweise transparent sein soll, vollständig transparent erscheinen lässt.
Das ist der erste IE-PNG-Fehler, nichtsdestotrotz lässt sich damit, wie du richtig geschrieben hast, das GIF-Verhalten nachbilden.

"PNG-32", also das Echtfarbenmodell mit beliebig vielen unterschiedlichen Farben pro Bild, gibt es mit Alpha- und binärer Transparenz.
Der alte IE unterstützt hier die Alphatransparenz nur insofern, als dass er die im Bild definierte Hintergrundfarbe (oder, falls nicht vorhanden, ein Standardgrau) nach Vorgabe durchscheinen lässt, nicht aber jenes, das ist zweite IE-PNG-Fehler, was hinterm Bild liegt. Binäre Transparenz unterstützt er überhaupt nicht (dritter IE-PNG-Fehler). Beides gilt auch für Graustufenbilder.

PNG-32 passt zudem insofern nicht, als dass PNG auch 16 Bit pro Kanal zulässt, PNG-8 könnte neben des (farbigen) Paletten- auch ein echtes Graustufenbild sein.

Das Verhalten des eigenen Browsers ist schön zu begutachten unter http://entropymine.com/jason/testbed/pngtrans/.