Ganz ehrlich, ich frage mich, ob das der Otto-Normal-Registrierte alles so einzustellen vermag. Ich vermute eher, die meisten kriegen nie etwas von dieser Funktionalität mit.
Gibt es Gründe, das nicht zum default zu machen?

Wer definiert denn, was Default ist? Dass es so viele Optionen durchzuschauen gibt, liegt an der Vielzahl der Features, mit denen man sich das Leben leichter machen kann. Bei einer Sortierung nach Wichtigkeit wäre wieder die Frage, wer legt die Prioritäten fest und warum reicht nicht auch die fachliche Gruppierung? Woran "scheitert" (gefunden hast du es ja doch) denn der Einstellversuch? Texte zu unverständlich oder nur tl;dr?

Naja, ich habe es gefunden, aber vielleicht bin ich auch nicht Otto Normal.
Ich schreibe wie gesagt selbst eine Forum-Software, mit Thread-Struktur, und ich las in Diskussionen, dass es eine Gelesen-Markierung gibt. Daraufhin machte ich mich auf die Suche in den Einstellungen, und musste mir die erforderlichen Optionen in der langen Liste zusammensuchen, bis die eigentliche Option "Als gelesen markieren" überhaupt eine sichtbare Wirkung zeigte.
Vielleicht wäre es eine Möglichkeit, alle Optionen, die mit dieser Markierung zu tun haben, irgendwo zu gruppieren, und zumindest gleich eine Default-Farbe festzulegen, zumindest aber irgendwie darauf aufmerksam machen, dass man ohne angegebene Farbe keinen Unterschied sieht.

Klar ist, eine Default-Einstellung gefällt nie allen gleichzeitig, aber ohne Default sieht man halt erstmal keinen Unterschied.

Thread-Struktur ist IMHO sehr vorteilhaft, aber viele kennen sich damit nicht aus und erwarten gar nicht, dass man da noch 4-5 Sachen anklicken kann/muss, damit es übersichtlich wird.

Meine Erwartungshaltung war: Ich aktiviere die Gelesen-Markierung und sehe ab dem Zeitpunkt einen Unterschied bei den Threads, die ich anklicke. Wenn mir dann die festgelegte Farbe zu penetrant ist, kann ich sie ja ändern.