Hallo Jan,
vor gar nicht allzulanger Zeit stand ich vor genau dem selben Problem.
Ich habe mir vorerst damit geholfen, indem ich bei Auswahl eines Links beide Frames (Navigations- und Inhaltsframe) aktualisiere. Der Nachteil dabei ist, das für jeden Link eine eigene (zusätzliche) HTML-Datei existieren muß. Der Vorteil ist, das dieses System auch für Java Script ungeübte sehr einfach zu durchschauen und leicht zu erweitern und zu pflegen ist.
Den entsprechenden Code findest du unter www.die-besten/design
Viele Grüße und viel Erfolg
Carsten