Michael Schröpl: User-Rechte

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CGI-Scripts in PERL geschrieben werden ja unter Linux mit dem User "wwwrun" ausgeführt, der jedoch nur minimale Zugriffsrechte hat.

"Linux" ist kein Webserver, und in dem konkreten Webserver wird man das einstellen können.
(Wenn es Apache ist, ganz bestimmt.)

Meine Frage wäre, ob es eine Möglichkeit gibt, per PERL-CGI-Script den User zu wechseln, etwa um eine Webbasierte Oberfläche zur Verwaltung von Linux-Proxies zu erstellen (Anwahl, Apache-Konfigurationserweiterungen, usw).

Wenn Du die Benutzerkennung nicht für den gesamten, bereits existierenden Webserver verändern willst oder darfst, dann überlege mal, ob Deine Sonderanforderung die Installation eines eigenen Webservers rechtfertigt.
Du kannst auf demselben Server-Rechner beliebig viele Webserver laufen lassen, wenn diese über verschiedene TCP/IP-Ports angesprochen werden - diesen kann man bei Apache in der Konfiguration ändern.
(So mache ich das, wenn ich auf eine neue Apache-Version umsteige: Ich lasse beide Versionen auf demselben Dokumentbaum parallel laufen und ändere nach der Testphase nur noch die Portnummer.)
Vielleicht reicht für Deinen Fall auch schon ein separater virtueller Host?

Auch das SUID-Bit für PERL möchte ich nicht setzen, da es keine Sicherheitslücke wäre, sondern eher ein Sicherheits-Scheunentor :-)

In der Tat.