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Kurzantwort:
schau' Dir mal das "Autoloader" Feature von Perl an. imho solltest Du Module / Klassen bilden. Mit dem Autoloader werden dann nur die teile übersetzt, die du brauchst. Mußt dich aber schon gut mit Perl auskennen um das aufzusetzen.
falls du den log-auswerter nicht nur zwecks beschäftigungstherapie schreiben willst, dann schau dir doch mal den webalizer (mal in yahoo danach suchen) von Bradford L. Barrett an. Das Rad wurde nämlich bereits erfunden ;-)