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Mein Problem:
Ich benutze configurationsfiles die in unterpfaden im /cgi-bin/ liegen.
Genau das ist das Problem. Wer zwingt Dich dazu?
Deine CGI-Skripte greifen auf die Konfigurationsdateien nicht über eine URL, sondern über einen Pfadnamen zu. Lege die Dateien irgendwohin außerhalb des URL-Baums, und fertig ist die Laube. Eine Codierung kann man knacken, eine unsichtbare Datei nicht.