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hi...
diese "libphp3.so" ist sozusagen das ganze php...
vermutlich, wenn du es wirklich richtig kompiliert hast, kann ich mir gut vorstellen, dass deine damit erzeugte libphp3.so nich im "libexec"-verzeichnis vom apache liegt... da würde ich sie dann reinkopieren ;)
wenn das immer noch nicht hilft, bräuchte ich ein paar detailiertere angaben.. (die letzen 5 zeilen der ausgabe vom configure/ make/ make install, den tree vom apache usw.)
HTH
gero