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hallo,
Am einfachsten wird wohl sein, du verwendest am Server 'export', um die Datenbank in die Datei zu exportieren. Das kannst Du entweder mit telnet oder auch aus einem Script heraus machen, indem Du einen shell-Aufruf durchführst.
(ich weiß jetzt aber nicht, wie Du in PHP einen shell-Aufruf machst)
Näheres zu export findest Du in der mySQL-Dokumentation.
Grüße
Klaus