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Das kannst du wohl tun,
binde die javascript dateien so ein, wie bekannt:
<script language="javascript" src="meineDatei.js"></script>
...
damit kannst du beliebig viele Dateien einfügen. Alles, was in diesen Dateien steht, kannst du dir wie ein riesengroßes script Tag
vorstellen und auch entsprechend behandeln, das heisst du kannst von jeder datei auf variablen und funktionen einer andereren dieser dateien zugreifen.
es gibt nur einschränkungen, wenn du mit frames arbeitest:
wenn du zum beispiel in der html datei deines Frame1 auf eine Variable, die (intern oder extern, total egal) in Frame2 steht, dann musst du parent.frames.frame2.Variablenname verwenden.
viel erfolg,
Christian