Schonmal geprüft, was in $thefile steht und ob die Datei tatsächlich exakt an dieser Position gelandet ist und nicht vielleicht doch unter /tmp oder ähnlichem?
In $thefile steht dann ./phpZmxLG5 oder ähnliches...
Sofern möglich solltest Du auch statt copy() move_uploaded_file() benutzen, dafür ist die Funktion da.
Geht nicht, denn: "Warning: move_uploaded_file() has been disabled for security reasons..."