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Hallo,
Bin leider noch kein PHP-Profi, aber zum Grundprinzip der Datenbankabfragen kann ich Dir folgendes sagen:
1. Alle daten mit WHERE NR <= 10000 oder einem anderen Filterkriterium.
2. Den Test auf doppelte Emails würde ich mit einer Liste oder Array o.ä. realisieren, wo alle abgearbeiteten Drinne stehen, tritt eine nochmal auf, Abarbeitung nicht durchführen.
3. Nummern mit Abarbeitung sammeln und dann UPDATE ... WHERE Nr IN (1,2,3..)
HTH
Gruß Frank