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Danke, aber das Problem hat sich gelöst.
Ich hatte nämlich in der HTML-Datei (im Body) eine Funktion, die mit write() arbeitet.
Diese Funktion wurde immer "onLoad" aufgerufen und was macht document.write normalerweise???
Es löscht den "alten" Quelltext vollständig.
Nachdem also mit write() etwas in die datei geschrieben wurde, wurde (logischerweise) derrest des quelltextes gelöscht, also auch der "link" auf die externe JS Datei.