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Hallo Frank,
Der WebServer ist ein Apache und die Hardwareausstattung allerfeinst.
Ressourcenprobleme dürften "eigentlich" nicht auftauchen.
Trotzdem ist das wohl der Grund, warum Dir empfohlen wurde, nicht alles in ein Verzeichnis zu packen, viele Filesysteme (z.B. ext2) werden sehr langsam, wenn eine große Anzahl Dateien (>10.000) in einem Verzeichnis liegen, weil für viele Operationen erstmal der Inhalt des Verzeichnisses eingelesen werden muß, und die Filesysteme sind dann einfach nicht dafür optimiert, daß da mehrere tausend Dateien drinstehen. (Wenn Du dagegen z.B. ReiserFS hast, sollte es keine Probleme geben).
Viele Grüße
Stephan