Hallo,
document.referrer gibt die ganze URL aus in der Form http://www.blabla.de/index.htm. Du mußt also feststellen, ob die letzten 9 Zeichen von document.referrer index.htm heißen.
Die erste if-Abfrage kannst Du Dir übrigens sparen wenn Du schreibst if (document.referrer != "index.htm") {
Check = confirm("Sie kommen gerade nicht von der Hauptseite. Wollen sie zur Hauptseite umgeleitet werden?");
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Viele Grüße,
Jürgen