Sorry, wenn überhaupt dann gehört das natürlich so:
<script src="../java/test.js" type="text/javascript"></script>
Sollte das Verzeichnis "java" jedoch ein Unterverzeichnis des Ordners sein, in dem sich die HTML-Datei befindet dann paßt's so wie Du es hattest, außer der Ersetzung von "" durch "/".
Bei mir funktionierts jedoch sowohl mit "" als auch mit "/".
Sorry nochmals
Christian