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Ich hatte da Problem das beim MS 6 der Rückgabewert von document.body.scrollTop immer 0 war.
Als Ursache hat sich die loose.dtd herausgsetellt:
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">
Lässt man die loose.dtd ganz weg, funktioniert es wieder korrekt.
Der Grund ist mit unbekannt.