Hi Thomas!
Schau Dir für PDFs mal KSearch http://www.kscripts.com/scripts.shtml oder Perlfect Search http://perlfect.com/freescripts/search/ an.
Sei allerdings mit KSearch vorsichtig. Es indiziert bisher nur über den Dateipfad und nicht über eine http-Anfrage (beachtet daher keine .htaccess findet dafür aber Dateileichen ;-) und kümmert sich auch nicht um meta-index-Angaben, Datenbankinhalte sind somit auch nicht verfügbar.
Speziell für Word-Dateien fällt mir gerade nichts ein.
Eine weitere Möglichkeit ist natürlich auch die Google-Suche nur auf eine Domain zu begrenzen. Hier ist aber die Frage, ob Dir das Layout passt und ob Du immer warten willst/kannst bis der crawler wieder vorbei gekommen ist.
Clemens