Hallo,
habe Deine Problem auch schon im IE 5.00 unter NT4.0 erlebt. Ich habe das IFrame als unterste Ebene und 3 DIV's rüber gelegt. Im 5er Explorer sind die DIV's entweder nicht dargestellt, oder aber hinter dem IFrame. Trotz z-index.....
Hilft Dir sicherlich auch nicht weiter, wollte nur mal auf Problem mit dem IE5 hinweisen...
Gruß
die knappschaft