Also entweder Du gibst deiner Funktion PopUpFenster() den passenden Parameter mit also:
<a href="javascript:PopupFenster(Datei1.htm)">Fenster anzeigen</a>
<a href="javascript:PopupFenster(Datei2.htm)">Fenster anzeigen</a>
usw...
und verarbeitest den dann in Deiner Funktion.Dazu musst Du dann sicherlich mit If-Abfragen den übergebenen Parameter checken, um dann entsprechend unterschiedliche Werte auch bei den Größenangaben hinzubekommen.
Oder Du machst für jedes Fenster eine eigene Funktion, also
<a href="javascript:PopupFenster1()">Fenster anzeigen</a>
<a href="javascript:PopupFenster2()">Fenster anzeigen</a>
usw...
und gibst dann in jeder Funktion separat Deine Werte an.