Hallo Peter.
Die Bedenken was die Sicherheit angeht dürften hinfällig sein. Jedes Programm das Deine Site anschaut kann dies nur per HTTP tun und bekommt somit auch nur das zu sehen, was ein normaler User auch sieht. PHP-Dateien werden somit nicht als Quellcode gesaugt, sondern lediglich das Ergebnis, das die Skripte ausliefern (i.d.R. HTML).
Wie ein solches Programm an versteckte Dateien kommen soll ist mir schleierhaft. Lediglich über Zugriff per FTP wäre sowas möglich, und dazu brauchst die Zugangsdaten. Oder der Server ist schlecht konfiguriert und lässt eine Verzeichnisübersicht bei fehlender index-Seite zu. Ansonsten kann das Programm die Dateinamen ja gar nicht herausfinden.
Ansich finde ich solche Programme gar nicht so schlecht. Manchmal ist ganz nett sich Seite mal schnell runter zu ziehen und dann irgendwann in aller Ruhe (z.B. auf Zugfahrten am Notebook) anzuschauen. Oder manche mehrseitigen Artikel sich ins eigene Archiv auf der Festplatte zu legen ist auch nicht immer verkehrt. Viele Seiten verschwinden auch aus dem netz wieder, und will man dann wieder was nachschauen (hat's ja gebookmarkt) oder am Design was abschauen is nichts mehr da.
Grüße aus Würzburg
Julian