Das externe CSS ist okay, es überschreibt die Menü-Styles nicht. Bist Du Dir sicher, daß Deine Angaben in der HTML-Datei korrekt sind?
Du kannst ohne Probleme CSS-Angaben vermischen, deshalb ja auch die Bezeichnung "Cascading...". Ich meine externe Angaben, die auf alle Seiten angewandt werden und individuelle Formate, so wie z.B. ein besonderes Menü, das nur in einer Datei steht. Also versuche es doch mal so:
<html>
<head>
<title> bla bla </title>
<link rel="stylesheet" href="style.css" type="text/css">
<style type="text/css">
.clTopMenu {position:absolute; width:101px; height:150px; clip:rect(0px 101px 14px 0px); layer-background-color:#eeeeee; background-color:#eeeeee; z-index:31; visibility:hidden;}
.clTopMenuBottom {position:absolute; width:101px; height:3px; clip:rect(0px 101px 3px 0px); top:11; layer-background-color:#cecfce; background-color:#cecfce; z-index:2;}
.clTopMenuText {position:absolute; width:91px; left:5px; top:15px; font-family:arial,helvetica,sans-serif; font-size:11px; background-color:#eeeeee; z-index:1;}
</style>
<script language="JavaScript">
</script>
</head>
<body>
</body>
</html>