Hallo,
es werden sowieso keine einzelnen Dateien indiziert sondern nur Seiten, die aus diesen Dateien erstellt werden. Die Suchmaschine bekommt vom php genausowenig zu sehen wie von Browser sondern nur das als HTML zusammengesetzte Ergebnis.
Problematisch wäre es nur, wenn du direkt auf die Einzeldateien verlinkst, die eingebunden werden sollen, was ohnehin vermutlich zu diversen anderen Fehlern führen sollte.
Die einzelnen für sich allein genommenen unvollständigen Dateien sind also kein Problem.
Viele Grüße,
Jürgen