Falls ich es richtig verstanden habe, mußt Du eigentlich nur folgendes machen:
Wenn Du das Fenster öffnest, weise einer Variablen den Rückgabewert der Funktion zu:
popup = window.open(...)
dann kannst Du über Eigenschaften dieser Instanz Deine Änderungen vornehmen... (sh. SELFHTML)
MfG,
saporo.