OK, Query ist gelaufen, die Inhalte der Tabellenzellen sind per MYSQL_FETCH_ARRAY in $result['zelle1'] und $result['zelle2'].
Dann:
$zeile1 = explode (",",$result['zeile1']);
$zeile2 = explode (",",$result['zeile2']);
for ($i=0;$i<sizeof($zeile1);$i++){
//hier wird verglichen
if ($zeile1[$i] == $zeile2[$i]) {...}
if ($zeile1[$i] < $zeile2[$i]) {...}
usw....
}