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Wie gesagt, mit Windows Fenstern kann ich wenig anfangen...
Dann würde ich nach Portierungen von Unix/Linux-FTP-Servern schauen, weil FTP-Server, die direkt für Windows programmiert worden sind, werden wohl zu 99% nur ein GUI haben.
Der Nachteil bei den Portierungen ist allerdings, daß einige, wie z.B. Pureftpd, halt die Cygwin.dll benötigen.
http://www.pureftpd.org
Das könntest Du dir halt mal anschauen und sonst weiß ich, daß es auch eine Win32-Portierung von Wu-FTPd gibt:
http://www.wu-ftpd.org
(Beispiele für die config-Files findet man auch auf der Website)
Leider kann ich dir aber nicht sagen, wie gut das wirklich unter Windows läuft.
Ich habe damit bisher nur unter Linux gearbeitet.