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Moin Markus,
Imho löst dein Problem folgendes:
(1.) du setzt den Schlüssel aus Tabelle 2 auf PRIMARY oder UNIQUE (je nachdem, was in deiner struktur besser passt)
(2.) Bei deinem INSERT-Statement fügst du ein IGNORE hinzu, so dass Versuche, doppelte Datensätze einzufügen, ignoriert werden.
Siehe http://de.mysql.com/documentation/mysql/bychapter/manual.de_Reference.html#HANDLER