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Hallo,
hab jetzt nicht die Übersicht ob es in PHP Dateizeiger gibt die partielle Änderungen erlauben. Die Kindervariante die ich hier auf die schnelle Vorschlagen würde:
Datei komplett einlesen und dann ohne die Zeile neu schreiben.
Falls Die Datei zu groß ist zeilenweise in eine Tempdatei schreiben, das Original löschen und dann umbennen.
Gruß Jan