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Hallo Philipp!
Weder habe ich mich bisher mit sowas beschäftig, noch habe ich irgendwelche Ahnung davon, daher kann ich Dir höchtens ein interessantes Projekt nennen, welches sowas (leider nur) für PHP erledigt: http://www.phpdoc.de/demo.html Aber vielleicht sind ja auch Ideen für Dich dabei. phpdoc hat inzwischen den Weg in PEAR geschafft, also wird es nicht ganz so schlecht sein.
Viele Grüße
Andreas