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Nein. Es sollte unter Linux NICHT gehen, per Script den Apache neu zu starten und das hat einen simplen Grund, denn: nur root kann auf Port 80 binden, folglich muss die Initialisierung des Apache auch als root erfolgen. Ein Stoppen und erneutes Starten des Apache-Servers geht mit den Laufzeit-Rechten von nobody also nicht - und das ist auch gut so. Von suexec etc. rate ich dir jetzt gleich mal ab.
MySQL ist was anderes, es bringt in seinem Befehlssatz einen Reload-Command mit, der natürlich auch über PHP ausgeführt werden kann.
Eine Alternative wäre natürlich Webmin o. ä. aber dazu würde ich dir nicht raten. Musst du denn deinen Apache so oft neu starten? Hast du keinen SSH-Access? Ich restarte meinen Apache bestenfalls jeden Monat einmal...